即将升上四年级的DoReMi、羽月、小爱及音符已经成为好朋友，但同时也失去魔女身份。一天晚上，她们四人回到了魔法堂想见魔女莉卡一面，而在无意间发现魔女莉卡所遗留下来的吹风机(其实是女王变出来，引导DoReMi一行进入魔女界的工具)，…

故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町，除此之外还有魔女世界和魔法堂等，自称为世界上最不幸的美少女的春风DoReMi，一直相信这世界上有魔女，并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人表白。有一天放学时，春风DoReMi经过一间名叫新…

一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，…