故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星…

詹姆斯•卫斯特是一名政府情报人员，聪明且有魅力高登是一个令人讨厌但表现优秀的情报员，两人均奉命追击邪恶的“没人爱”博士，因为他要暗杀美国总统葛伦来重新掀起内战。一开始，卫c斯特和高登之间充满浓厚的较劲气氛，但没多久他们便…