复仇者联盟以及随后影响深远的纽约之战，让外星人和超能力者不再是坊间传说的秘密。纽约之战过后，世界格局即将重新洗牌，野心家们则蠢蠢欲动，神盾局面临前所未有的挑战。

特工菲尔·科尔森从夏季档票房大片《复仇者联盟》归来，回到执法机构神盾局。他组织了一支精锐、训练有素的特工小组，处理那些还未被指定为机密的案件：那些新的、陌生的、未知的东西。这个小组包括：作战和间谍活动的专家Grant Ward…

神盾局在经历了与异人族之间的战争之后，激发异人的元素不慎扩散到了全世界，而如今获得异能控制能力的黛西／丝凯开始积极找寻世界各地进化成异人的人类，并设法协助他们学会控制能力并保护他们。但全世界自从经历了多个外星灾难之后开始…

以一位双面特工的视角，带观众深入了解《神盾局特工》的片场、后台、演员训练等情况，观众可以通过本剧中的线索对接下来的剧情进行推测。

一名情场失意的美国人在佛罗伦萨邂逅了一项危险的运动和一名神秘的意大利女子。

某日，過氣的童星蓋文史東因酒後失序被捕，為了不入監服刑，他被迫到教會當義工，從事打掃清潔的工作。然而，他不想做這工作，因此假裝成虔誠的基督徒，並爭取到教會年度的受難劇中飾演耶穌。最後他卻發現，人生中最重要的一個角色原來並…

当HYDRA的秘密不再是秘密之后，该剧便可以全力在这方面展开剧情了。在第二季中，新任神盾局局长Coulson和他的团队成了「通缉犯」，HYDRA组织仍在追杀他们，而且能够调动的资源已经非常有限，但那不会阻止他们继续「为世界的和平与安全而…