故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星…

海湾战争后，美国于1992年在伊拉克的南方守望行动中遭遇胡巴尔群楼爆炸攻击，美军将嫌疑组织首领绑架至美秘密调查。FBI探员安东尼•哈勃德（丹泽尔•华盛顿DenzelWashington饰）及阿拉伯语搭档弗兰克（托尼•夏尔赫布Tony　Shal…