离毕业还有10天，学生们的高中生活本应平静地落幕。但是，教师柊一飒却突然将班上的29名学生召集起来，宣布：“从现在开始，大家都是我的人质。”从这一刻开始，他与29名人质学生展开了“最后的授课”，那就是查明数月前自杀的某学生之死…

故事讲诉了遭受校园暴力的女高中生真子，在图书馆发现了一本有关忍者的儿童书《雷风刃》，这本书成了她唯一的心灵安慰。她的面前出现了书中的忍者西洛和尤亚，带着真子穿越到了江户时代。在伊贺的世界里通过传说中的忍者才藏的指南，真子…