垃圾分类、节电节水、回收利用……在新任镇长四膳守的倡导下，环境保护措施正在如火如荼地进行，然而谁都不知道，四膳正在暗中筹划可怕的秘密行动……一天，小新在河边捡垃圾时发现了一罐饮料，他把饮料带回家，放进冰箱，想冰一下再喝。…

某日，小新未来的新娘多美子从20XX年的未来都市“Neo Tokio”来到小新的面前。多美子告诉小新，未来的他被“Neo Tokio”的支配者也就是多美子的父亲金有增藏给绑架了，需要只有5岁的小新帮忙解救。于是小新决定和多美子乘坐时光机去未来…

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。 之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人…