本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们…

<p>　　在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。<br/>　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素…

　　三年前在网络世界被奥米加兽打败的超恶魔兽重生，并不断地产生自己的婴儿期，婴儿期的超恶魔兽通过手机、电脑等入侵现实世界，在现实世界形成数码蛋，最后超恶魔兽出现在现实世界，连最强的奥米加兽被打败。。。。

　　在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地…